Na początku II wojny światowej fort przejęli Niemcy i wywieźli z niego całą zgromadzoną amunicję. Od 11 listopada 1939 roku do 15 października 1941 roku w forcie (a dokładniej w fortecznych fosach) miały miejsce egzekucje polskich patriotów – więźniów z Montelupich i więzienia w klasztorze św. Michała w Krakowie (przy ulicy Senackiej). Pod koniec 1945 roku (od 15 października do 6 grudnia) nastąpiła ekshumacja 440 zwłok z 29 grobów i przeniesienie ciał do zbiorowej mogiły na zapolu fortu. Po zakończeniu wojny fort stosunkowo szybko został przekazany w użytkowanie cywilne. W latach 1949-52 był on hotelem robotniczym dla ekip budujących Nową Hutę). 27 maja 1957 roku odsłonięto tablicę pamiątkową na zbiorowym grobie – jednak z nieprawdziwymi datami dokonywanych egzekucji. Rok później, ku czci krzesławickich ofiar hitlerowskiego terroru, w pobliżu fortu postawiono pomnik.